Eigen test vindt snel uniek stukje bacterie-DNA

, door Marjolein te Winkel
foto: Henk Veenstra

​Toen zijn collega’s op het lab te maken kregen met een enorme toename van werk omdat patiënten op een van de verpleegafdelingen besmet bleken met een VRE-bacterie, kon medisch moleculair microbioloog John Rossen van het UMCG zijn wetenschappelijk onderzoek direct in de praktijk brengen. Zo weten zijn collega’s drie dagen sneller of een patiënt met een bepaald type VRE-bacterie is besmet – tijdwinst die de patiënt ten goede komt.

De genetische samenstelling van bacteriën in kaart brengen, dat is het doel van het onderzoek van John Rossen. “Elke stam van elke bacterie heeft een eigen ‘DNA vingerafdruk’”, legt hij uit. “De genetische samenstelling van bacteriën van dezelfde soort is voor een heel groot deel hetzelfde, maar uiteindelijk is elke bacteriestam uniek.”

Met deze kennis kunnen Rossen en zijn collega’s van de afdeling medische microbiologie & infectiepreventie (MMBI) de ontwikkeling van bacteriën volgen. “We hebben inmiddels een grote database ontwikkeld met heel veel informatie over de genetische samenstelling van bacteriën. Zo kunnen we bijvoorbeeld zien hoeveel een nieuwe bacteriestam lijkt op de bacteriën die we al kennen, en waar er verschillen zijn.”

Door een bacterie genetisch te ‘ontleden’ proberen Rossen en zijn collega’s ook te achterhalen hoe resistentie voor antibiotica ontstaat. “We weten bijvoorbeeld precies welke genen zorgen voor de resistentie van een VRE-bacterie.”

Een onwelkome gast

Die VRE-bacterie is een onwelkome gast in een ziekenhuis. VRE betekent vancomycine-resistente enterokok; een darmbacterie van de ‘bacteriefamilie’ enterokokken, die niet meer reageert op de antibiotica die gewoonlijk worden voorgeschreven, zoals vancomycine.

Patiënten die worden opgenomen in het UMCG, worden gescreend op deze (en andere) bacteriën. “Alle patiënten wordt gevraagd of ze onlangs in contact zijn geweest met vee, en of ze in een ziekenhuis in Nederland of in het buitenland hebben gelegen. Als dat het geval is, worden ze getest, want dat zijn de grootste risicofactoren voor een besmetting met een resistente bacterie”, legt Rossen uit.

Voorzorgsmaatregelen

In januari bleek een patiënt die in het UMCG werd opgenomen, besmet met de VRE-bacterie. “Zodra dat bekend is, nemen we onmiddellijk voorzorgsmaatregelen om verspreiding van deze bacterie te voorkomen”, zegt Rossen.

Er worden extra screenings gedaan, er worden extra hygiënemaatregelen genomen en patiënten die besmet zijn met de bacterie worden in isolatie verpleegd. Allemaal uit voorzorg. Want hoewel een VRE-bacterie niet gevaarlijk is voor gezonde mensen, is ze dat wel voor kwetsbare mensen: veel te vroeg geboren baby’s bijvoorbeeld, en heel zieke mensen. Bij deze mensen is de weerstand dusdanig laag dat een besmetting met een VRE-bacterie tot een infectie kan leiden en, in het ergste geval, een levensgevaarlijke bloedvergiftiging.

Een patiënt met een VRE-besmetting kan wel behandeld worden met andere antibiotica. Maar om patiënten goed te kunnen behandelen, is het belangrijk om precies te weten om welke bacterie het gaat, en of andere patiënten met een VRE-bacterie zijn besmet met bacteriën van dezelfde stam, want daardoor weten de artsen-microbioloog hoe een uitbraak zich ontwikkelt.

Uniek stukje DNA

Nu het UMCG te maken heeft met een uitbraak van de VRE-bacterie komt het onderzoek van John Rossen goed van pas. Door de kennis over de genetische samenstelling van bacteriën en de uitgebreide database die hij met zijn collega’s inmiddels heeft ontwikkeld, kon hij al snel na de uitbraak van de VRE-bacterie een test ontwikkelen waarmee hij kon zoeken naar een uniek stukje DNA van deze specifieke bacterie.

Deze test gaat een stuk sneller dan de klassieke manier van testen (zie kader onderaan). In twee dagen weet Rossen precies om welke bacterie het gaat, waar de standaardtest vijf dagen duurt. Die tijdwinst komt de patiënt ten goede: “Door de test kunnen we de artsen veel sneller de juiste middelen adviseren”, zegt Rossen.

Voor de microbiologen levert de test ook inzicht in de omvang en het verloop van de uitbraak. “We kunnen de uitbraak heel precies in kaart brengen en dat geeft ons informatie over het effect van alle maatregelen die we nemen. En de kennis die dat oplevert kunnen we bij een eventuele volgende uitbraak in de praktijk brengen.”

Laten we die laatste opmerking afkloppen – voorkomen heeft de voorkeur boven genezen. Rossen: “Dankzij het preventiebeleid in Nederland is een uitbraak van een resistente bacterie nog altijd een uitzondering, waar het in andere landen – ook landen om ons heen – meer regel is. We doen het dus echt heel goed. Maar het kan altijd beter, en daar kan wetenschap ons bij helpen.” 

De klassieke manier van testen
Op VRE testen kost veel tijd vanwege het handmatige werk dat nauwkeurig moet gebeuren. Om te bepalen om welke bacterie het gaat, worden verschillende testen uitgevoerd.
Eerst wordt het patiëntmateriaal in een reageerbuis gedaan en een nacht in een stoof gezet om de enterokok te laten groeien. Dan moet er een sample worden gemaakt voor de machine die het DNA van de bacterie vindt en onderzoekt of die mogelijk vancomycine-resistent is. Als dat zo is, moet worden uitgezocht om welk subtype van de bacterie het gaat.
Al met al duurt deze procedure vijf tot zeven dagen. De nieuwe test die Rossen en zijn collega’s hebben ontwikkeld geeft veel sneller een uitslag: binnen twee dagen.
Toch vervangt deze nieuwe test de standaardtesten niet. Rossen: “De standaardtest bevestigt de uitslag van onze test en geeft aanvullende informatie over de stam van de bacterie. Die informatie gebruiken we voor wetenschappelijk onderzoek.”

Pagina delen Sluiten
 (optioneel)
Wat betekent dit?

Dit is een controle om vast te stellen dat u een menselijke bezoeker van deze pagina bent en geen zoekrobot.